پس از حمله قبلی گودزیلا، یک مسابقه تسلیحاتی کوچک برای جمع‌آوری سلول‌های او آغاز می‌شود. دولت ژاپن که نگران بازگشت احتمالی گودزیلا است، از این سلول‌ها برای ساخت یک سلاح زیستی جدید به نام ANEB (باکتری انرژی ضد هسته‌ای) استفاده می‌کند. آن‌ها از یک متخصص ژنتیک به نام گنشیرو شیراگامی کمک می‌خواهند که آزمایش‌های او منجر به یک جهش ژنتیکی جدید می‌شود.

دختری 10 ساله در نقل مکان خانواده‌اش به حومه شهر، در دنیایی سرگردان می شود که توسط خدایان، جادوگرها، و هیولاها اداره میشود؛ جایی که انسان‌ها به شکل حیوانات در می آیند...

شاهزاده یاماتو پس از کشتن برادرش، از قلمرو پدرش تبعید می‌شود تا زمانی که بتواند قدرت‌های خطرناک خود را تحت کنترل درآورد. او در طول سفر خود با کاهنه جادوگر، اوتو، آشنا و همراه می‌شود و آن‌ها با هم به جنگ با خدای شریری می‌روند که در قالب یک هیدرا (مار چندسر) غول‌پیکر در حال ویران کردن زمین است. آیا یاماتو هرگز به خانه بازخواهد گشت تا جایگاه واقعی خود را بر تخت پادشاهی پس بگیرد؟

دو کشاورز فقیر و متاهل به تازگی تنها فرزند خود را از دست داده‌اند؛ پس از یک ملاقات عجیب و غریب، آن‌ها یک پیله فضایی را باز می‌کنند تا به دختر جدید خود خوش‌آمد بگویند.

چهار خواهر که هیچ رابطه خونی با هم ندارند، از کودکی با هم زندگی می‌کنند. آن‌ها هنگام مواجهه با بدبختی‌ها و ناملایمات زندگی، از یکدیگر حمایت کرده و به هم دلگرمی می‌دهند و حتی برای کمک به دیگری، خود را فدا می‌کنند.

این فیلم که در اصل در سال ۱۹۸۴ با نام «بازگشت گودزیلا» در ژاپن اکران شد، نسخه به شدت تدوین‌شده و تغییرنام‌یافته‌ای با عنوان «گودزیلا ۱۹۸۵» است. با اضافه کردن صحنه‌های جدیدی از ریموند بر، این شانزدهمین فیلم گودزیلا تمام دنباله‌های قبلی را نادیده می‌گیرد و به عنوان دنباله مستقیم فیلم «گودزیلا، پادشاه هیولاها» محصول ۱۹۵۶ عمل می‌کند. این اثر لحن تاریک نسخه اصلی را بازمی‌گرداند و ما شاهد ویرانی‌های هسته‌ای مارمولک غول‌پیکری هستیم که ژاپن را به وحشت انداخته است.

پس از حمله به یک قایق ماهیگیری، تنها بازمانده خدمه متوجه می‌شود که این موجود کسی نیست جز یک گودزیلای احیاشده. با این حال، تلاش‌ها برای افشای این ماجرا توسط دولت ژاپن و در بحبوحه تنش‌های سیاسی فزاینده میان ایالات متحده و اتحاد جماهیر شوروی سرکوب می‌شود؛ چرا که هر دو کشور حاضرند برای متوقف کردن این هیولا، ژاپن را بمباران کنند.